Quang cảnh mặt tiền Miếu Nổi

Miếu Phù Châu được tạo dựng từ lúc nào, không có sách sử ghi chép[1], người ta ước chừng trong khoảng thế kỷ 18, hoặc đầu thế kỷ 19. Theo truyền thuyết, vào thế kỷ 18, một người đàn ông chài lưới trên đoạn sông này đã lưới phải một xác chết phụ nữ, ông đã đem chôn lên cù lao rồi lập một miếu nhỏ để thờ oan hồn. Ban đầu là một miếu nhỏ bằng tre và lá dừa, do các nhà buôn đường thủy cùng các bô lão trong vùng dựng thành, thờ Ngũ Hành, Long Mẫu để cầu mong được thuận buồm xuôi gió, thượng lộ bình an.

Trước năm 1975, Miếu là một điểm hành hương nổi tiếng của người dân Sài Gòn - Gia Định. Sau năm 1975, miếu gần như bị bỏ hoang. Năm 1992, một người tên Sáu Hòa đứng ra vận động sửa sang và khôi phục lại mọi hoạt động. Ông Lục Câu, trưởng ban quản lý miếu ngày nay đã tự tay phác thảo và thực hiện tu sửa, đắp lại các hình tượng tại miếu.

Đến nay, sau nhiều lần trùng tu, Phù Châu miếu đã trở thành một ngôi miếu khang trang, kiến trúc đặc sắc mang đậm nét văn hóa Việt - Hoa, và là một trong những địa điểm tham quan nổi bật của thành phố.[2]Tác giả Huỳnh Minh khi viết về ngôi Miếu này có nhắc lại một chuyện truyền khẩu:

Tương truyền cách nay mười mấy năm[3], trên sông Bến Cát trước ngôi miếu thường có cặp cá bông to lớn nổi lờ đờ trên mặt nước, mọi người trông thấy cho đó là cặp cá thần của bà cậu, đồng bào quanh vùng không ai dám đá động gì cả, mỗi lần nổi lên như vậy thì trong làng có chuyện lục đục không an, hoặc ra điều cho người chết đuối dưới sông[1]